Kebutuhan guru PAI setiap hari semakin bertambah se1nng bertambahnya kesadaran masyarakat muslim akan pentingnya pendidikan agama Islam. Suplai guru PAI diperoleh dari output perguruan tinggi di seluruh Indonesia. STAINU Purworejo sebagai perguruan tinggi yang mengembangkan pendidikan akademik dan professional berkewajiban turut serta memecahkan permasalahan di atas. Peran startegis yang dapat dilakukan STAINU Purworejo adalah meningkatkan kapasitas sumber daya manusia di segala bidang. STAINU Purworejo merespon berbagai dinamika itu sebagai suatu peluang sekaligus tantangan untuk menciptakan sumber daya manusia yang berkualitas yang mampu menjawab berbagai tantangan. Respon tersebut diimplementasikan dalam bentuk rencana untuk membuka program studi baru yaitu program studi Pendidikan Agama Islam (PAI). Program Studi Pendidikan Agama Islam STAINU Purworejo, berdiri pada tanggal 06 Maret 1974 beramaan dengan ijin operasional berdirinya PTII.
Kilasan sejarah, Prodi PAI Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama (STAINU) Purworejo ini lahir di tengah-tengah masyarakat Purworejo sebagai respon dari Umat Islam Purworejo untuk menampung lulusan-lulusan SMTA diseputar tahun 1974/1975. Umat Islam Purworejo utamanya warga NU belum memiliki Perguruan Tinggi Islam, kecuali Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Cabang Yogyakarta yang menjadi milik Pemerintah, kemudian ditutup pada tahun 1976. STAINU waktu itu, masih dengan nama Perguruan Tinggi Islam Imam Puro (PTII) dengan 2 ( dua) Fakultas yaitu Tarbiyah dan Syari'ah di bawah Yayasan YPI Imam Puro. STAINU pada awal berdirinya bernama PTII telah diadakan upacara peresmian di Pendopo Kabupaten Purworejo yang dihadiri oleh Bapak Prof. RHA Soenaryo SH, Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Tempat kuliah menempati gedung pertemuan NU di Jalan Wahid Hasyim (Kepatihan) dengan segala keterbatasan. Karena kurang memadai, kemudian pindah ke lokasi gedung SMP NU di Tugu Jalan Ahmad Yani, waktu kuliah siang karena paginya digunakan SMP NU.
Perkembangan berikutnya, dari program Sarjana Muda menjadi Program Sarjana (51) dengan nama STITNU yang kemudian berubah lagi menjadi STAINU sampai sekarang. Dengan modal percaya diri dan memohon kepada Allah dengan sering menyelenggarakan mujahadah, dari waktu ke waktu STAINU mengalami perkembangan yang cukup menggembirakan. Wisuda wisuda Sarjana berkali-kali telah diselenggarakan dan para alumni telah tersebar di berbagai tempat dan telah mengabdikan ilmu dan tenaganya baik dilingkungan pemerintah maupun di lingkungan swasta. Kini, STAINU yang dirintis oleh para tokoh/ulama Purworejo telah eksis di tengah masyarakat Purworejo dengan memiliki tanah dan gedung sendiri di sebelah Utara GOR WR. Supratman. Luas tanah tersebut pada tahun 1990 = 701m2, 2001 = 1.720 m2, 2002= 769 m2, 2005 =865 m2, 2007= 1.471 m2. Perguruan Tinggi NU di Purworejo ini berada di bawah naungan Yayasan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama (YASPINU). STAINU Purworejo selalu siap untuk mencetak sarjana-sarjana muslim yang berkualitas, berakhlak dan berwawasan kebangsaan dalam menjawab tantangan zaman.
Purworejo pada tahun 1964 memiliki Perguruan Tinggi Islam yaitu Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta cabang Purworejo, di Purworejo. Namun dalam perkembangannya oleh Departemen Agama akan dilikuidasi ke induknya yaitu IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Maka pada tahun 1974, telah disepakati berdirinya Perguruan Tinggi Agama Islam swasta guna menampung animo masyarakat Purworejo yang cukup baik. Pada tanggal 12 Shafar 1394 H, bertepatan pada tanggal 6 Maret 1974 telah disepakati berdirinya Perguruan Tinggi Islam dengan nama PTII (Perguruan Tinggi Islam Imam Puro) dibawah Yayasan Pendidikan Islam Imam Puro Purworejo. Adapun para pendiri PTII antara lain: K.H. Nawawi Siddiq, K.H. Damanhuri, K.H. Asnawi Umar, K.H. Maftuh Muhtar, K.H. Djamil.
Seiring dengan peraturan pemerintah, tentang penyesua1an jalur dan Program Pendidikan Strata Satu (51) serta penataan kembali nama dan unit jurusan maka nama PTII kemudian berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STITNU) dengan KMA RI No. 219 tahun 1988. Kemudian berubah lagi menjadi STAINU (Sekolah Tinggi Agama Islam NU) dengan membuka dua fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Dakwah, dengan landasan KMA RI Nomor 511 tahun 1994. Pada acara tersebut ditandatangani pula Piagam Pendirian, dan ikut membubuhkan tanda tangan sebagai saksi yaitu :
- Mayor R. Soenardjo atas nama Bupati Kepala Daerah Tk. II Purworejo.
- Drs. Fatchurrohman atas nama Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
- Soedartojo, ME. Dari DPRD Tingkat II Purworejo.
- Drs. Basiran Yusuf dari Kantor Departemen Agama Kabupaten Purworejo.
- Prof. RHA Soenarjo sesepuh Perguruan Tinggi.
Kaprodi yang pernah memimpin di Prodi PAI STAINU Purworejo sebagai berikut:
- Kaprodi PAI Tahun 2017-2021: Prawidya Lestari, M.Pd.I
- Kaprodi PAI Tahun 2021-2025 : Siti Khusniyati Sururiyah, M.Pd.I

Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama Purworejo merupakan salah satu Perguruan Tinggi di Kabupaten Purworejo yang memiliki salah satu visi yakni menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran yang kreatif, inovatif dan berwawasan kebangsaan dalam bidang ilmu pengetahuan, teknologi dan seni yang kompetitif di era global.